某5層商住樓，總建筑面積8500m²，框架結構。通過公開招標，業(yè)主分別與承包商、監(jiān)理單位簽訂了工程施工合同、委托監(jiān)理合同。工程開、竣工時間分別為當年4月1日和12月25日。承、發(fā)包雙方在專用條款中，對工程變更、工程計量、合同價款的調整及工程款的支付等都作了規(guī)定。約定采用工程量清單計價，工程量增減的約定幅度為10%。
對變更合同價款確定的程序規(guī)定如下：
（1）工程變更發(fā)生后7d內，承包方應提出變更估價申請，經(jīng)工程師確認后，調整合同價款；
（2）若工程變更發(fā)生后7d內，承包商不提出變更估價申請，則視為該變更不涉及價款變更；
（3）工程師自收到變更價款報告之日起7d內應對此予以確認。若無正當理由不確認時，自報告送達之日起14d后報告自動生效。
承包人在5月6日進行工程量統(tǒng)計時，發(fā)現(xiàn)原工程量清單漏項1項；局部基礎形式發(fā)生變更1項；相應地，有2項清單項目工程量減少在5%以內，工程量比清單項目超過6%的2項，超過10%的1項，當即向工程師提出了變更報告。工程師在5月14日確認了該三項變更。5月20日向工程師提出了變更工程價款的報告，工程師在5月25日確認了承包人提出的變更價款報告。
問題